中草药侵染性病原包括真菌、细菌、病毒、类菌原体、寄生性线虫及寄生性种子植物等。中草药受这些病原生物的侵染而得病称侵染性病害。在适宜的条件下，可在中草药植株和群体中传播蔓延，扩大为害。中草药病害绝大多数是由病原线)病原真菌 真菌在分类学上隶属于菌物界线个亚门。
①鞭毛菌亚门(Masdgomycotina) 营养体单细胞或为无隔丝状体。孢子或配子其中一种是可以移动的。该亚门分为根肿菌纲、壶菌纲、丝壶菌纲和卵菌纲(Qomycetes)4个纲。其中卵菌纲与中草药病害关系最大。该纲中有许多中草药重要病原真菌。尤其是霜霉目中的一些病原真菌常引起人参、三七、颠茄等多种中草药的猝倒病或疫病，元胡、大黄、当归的霜霉病等。
②结合菌亚门(Zygomycotina) 营养体为菌丝体，多数无隔膜。有性生殖形成结合孢子。该亚门分为结合菌纲和毛菌纲。结合菌纲中的毛霉目真菌常引起中草药贮藏期的腐烂。
③子囊菌亚门(Ascomycotina) 营养体多为有隔菌丝体，少数为单胞。有性生殖形成子囊孢子。该亚门下分6个纲。其中不整囊菌纲、核菌纲和盘菌纲中有不少中草药病原真菌。如不整囊菌纲中散囊菌目中曲霜属(Aspergillus)和青霉属(Penicillium)引起中草药贮藏期病害；白粉菌目多属病原真菌可引起多种中草药的白粉病。盘菌纲中的核盘菌属(Sclerotinia)引起人参、元胡等菌核病。
④担子菌亚门(Basidiomycotina) 营养体为有隔菌丝体，有性生殖形成担孢子。该亚门分冬孢菌纲、层菌纲和腹菌纲。其中冬孢菌纲的黑粉菌目和锈菌目有不少中草药病原真菌。如薏苡黑粉病、红花锈病等多种中草药病害是由这类真菌引起的。
⑤半知菌亚门(Deuteromycotina) 营养体为有隔菌丝体或单细胞，无有性阶段。目前该亚门下的分类意见不一，在此不多赘述。这类真菌是中草药的重要病原真菌。如引起多种中草药叶斑病的茎点属(Phoma)、叶点菌属(Phyllosticta)、针壳孢属(Septoria)，引起多种白粉病的粉孢霉属(Oidium)，引起灰霉病的葡萄孢属(Botrytis)，引起多种中草药根腐病的镰刀菌属(Fusarium)，引起苗期立枯病的丝核菌属(Rhizoctoria)等。
(2)病原细菌 主要有革兰氏阴性细菌、革兰氏阳性细菌和放线菌三类。中草药中细菌病害种类较少。为害严重的有人参细菌性烂根病和浙贝母软腐病，它们都是由欧氏杆菌属(Erwinia)引起的。
(3)植物病原病毒 植物病原病毒目前尚无完整的分类系统。暂且将某些病毒分为若干组群，如烟草花叶病毒、马铃薯x病毒、黄瓜花叶病毒、芜菁黄化花叶病毒、番茄丛矮病毒等。中草药病毒病很普遍，但鉴定工作尚做得不多。椐报道，白花曼陀罗、八角莲花叶病是由烟草花叶病毒引起的。白术、桔梗、百合、蒲公英等感染黄瓜花叶病毒。
(4)植物寄生线虫 传统分类方法是将线虫列入线形动物门中线虫纲。为害中草药的重要病原线虫有根结线虫属(Meloiclogyne)，如人参、川芎、罗汉果等50多种中草药受根结线虫为害。须根形成根结，影响产量和质量。此外还有胞囊线虫属(Heterodern)，如地黄胞囊线)寄生性种子植物 这些种子植物自身不能制造养分，必须寄生在其他植物上，从而造成对寄主植物的为害。为害中草药的寄生性种子植物主要有菟丝子(为害菊花、丹参、白术等)，其次有列当(为害黄莲)、桑寄生和樟寄生(为害木本药材)等。
（1）地道药材病害严重 由于历史形成的原因，使某些药材有特定的被认为是最佳的生产地区。在这些地区生产的某种药材就是所胃地道药材。如东北人参、云南三七、宁夏枸杞、河南地黄、浙江杭菊、四川的川芎、甘肃当归等。这些地道药材长期生长在特定的地区。病原菌逐年积累，致使病害严重，难以控制。如东北人参锈腐病十分严重，致使老参地不能再利用，只有毁林栽参，已成一大难题。
（2）中草药地下部病害严重 中草药的药用部位，很多是根、块根和鳞茎等地下部分。这些地下部分很易受土传病原真菌、细菌或线虫为害，发生多种根部病害。如人参锈腐病、白术根腐病、附子白绢病、地黄线虫病、浙贝软腐病等。这类病害发生严重且难控制，必须用以预防为主的综合措施加以治理。
（3）无性繁殖材料是中草药病害的重要初侵染来源 不少中草药是用根、根茎、鳞茎、珠芽或枝条等无性繁殖材料进行繁殖的。这些无性繁殖材料常受到病害侵染而成为当代植株的病害初侵染来源。因此，在生产上建立无病苗种田，精选无病种苗进行适当的种苗处理和地区间种苗检疫等工作是十分重要的防病措施。
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