从2016年起，中央在全国全面推开农业“三项补贴”改革，将种粮直补、农资综合补贴、良种补贴合并为“农业支持保护补贴”，政策目标调整为支持耕地地力保护和粮食适度规模经营。主要调整措施是：一是加强耕地地力保护。用于耕地地力保护的补贴资金，其补贴对象为所有拥有耕地承包权的种地农民，补贴依据可以是二轮承包耕地面积、计税耕地面积、确权耕地面积或粮食种植面积等，具体以哪一种类型面积或哪几种类型面积，由省级人民政府结合本地实际自定；补贴标准由地方根据补贴资金总量和确定的补贴依据综合测算确定。已作为畜牧养殖场使用的耕地、林地、成片粮田转为设施农业用地、非农业征（占）用耕地等已改变用途的耕地，以及长年抛荒地、占补平衡中“补”的面积和质量达不到耕种条件的耕地等不再给予补贴。鼓励农民采取秸秆还田、深松整地、减少化肥农药用量、施用有机肥等措施。这部分补贴资金以现金直补到户。二是促进粮食适度规模经营。重点向种粮大户、家庭农场、农民合作社、农业社会化服务组织等新型经营主体倾斜，体现“谁多种粮食，就优先支持谁”。用于粮食适度规模经营的补贴资金，重点支持建立健全农业信贷担保体系，同时鼓励各地采取贴息、重大技术推广与服务补助等方式支持粮食适度规模经营，不鼓励对新型经营主体采取现金直补。2017年，国家将进一步改革完善农业“三项补贴”制度。
农机购置补贴政策在全国所有农牧业县（场）范围内实行，实施方式为自主购机、县级结算、直补到卡（户），补贴对象为直接从事农业生产的个人和农业生产经营组织，补贴机具种类由各省结合实际从全国范围中选择确定。补贴标准由省级农机化主管部门按规定确定，一般机具的中央财政资金单机补贴额不超过5万元；挤奶机械、烘干机单机补贴额不超过12万元；100马力以上大型拖拉机、高性能青饲料收获机、大型免耕播种机、大型联合收割机、水稻大型浸种催芽程控设备单机补贴额不超过15万元；200马力以上拖拉机单机补贴额不超过25万元；大型甘蔗收获机单机补贴额不超过40万元；大型棉花采摘机单机补贴额不超过60万元。坚持绿色生态导向，对保护性耕作、深松整地和秸秆还田与利用、畜禽粪污处理利用、残膜回收等绿色高效技术所需机具全部实行敞开补贴。2017年，在进一步完善农机购置补贴政策的基础上，加大对粮棉油糖和饲草料生产全程机械化所需机具的补贴力度。
2017年，农业部、财政部继续在全国范围内开展农机报废更新补贴试点工作。尚未开展试点工作的省份应结合本省实际，积极组织开展试点工作，加快老旧农机淘汰，促进节能减排、环境保护和安全生产。农机报废更新补贴与农机购置补贴相衔接，同步实施。享受报废补贴的机具应是在农机监理机构登记的拖拉机和联合收割机。拖拉机的报废补贴标准根据马力段的不同补贴额从500元到11000元不等，联合收割机的报废补贴标准根据喂入量（或收割行数）的不同从3000元到18000元不等。
为保护农民利益，防止“谷贱伤农”，2017年国家继续在粮食主产区实行小麦、稻谷最低收购价政策。2017年生产的小麦（三等）最低收购价格每50公斤118元，保持2016年水平不变。2017年生产的早籼稻、中晚籼稻和粳稻最低收购价格分别为每50公斤130元、136元和150元，比2016年略有下降。
2016年，国家按照市场定价、价补分离的原则改革玉米价格形成机制。在东三省和内蒙古调整玉米临时收储政策为“市场化收购”加“补贴”。一方面，玉米价格由市场形成，反映市场供求关系，调节生产和需求，生产者随行就市出售玉米，各类市场主体自主入市收购。另一方面，建立玉米生产者补贴制度，对东三省和内蒙古给予一定财政补贴，中央财政补贴资金拨付到省区，由地方政府统筹将补贴资金兑付到生产者。2017年，国家继续推进玉米市场定价、价补分离改革，健全生产者补贴制度，鼓励多元市场主体入市收购，防止出现卖粮难。采取综合措施促进过腹转化、加工转化，多渠道拓展消费需求，加快消化玉米等库存。
为更有效地发挥市场作用和保护农民利益，建立和完善符合我国国情和现阶段发展要求的农产品价格和市场调控机制，2014年国家启动了新疆棉花、东北地区大豆目标价格改革试点，取消棉花、大豆临时收储政策，当市场价格低于目标价格水平时，由中央财政向试点地区生产者提供补贴。2017~2019年新疆棉花目标价格水平已经确定为18600元/吨。2017年按照中央一号文件要求，调整完善东北和内蒙古大豆目标价格政策。
为进一步调动地方政府抓好粮食、油料生产的积极性，缓解产粮（油）大县财政困难，促进我国粮食、油料产业发展，保障国家粮油安全，2016年中央财政安排产粮（油）大县奖励资金393亿元。常规产粮大县入围条件为：2010至2014年五年平均粮食产量大于4亿斤，且商品量大于1000万斤；或者在主产区产量或商品量列前15位，非主产区列前5位的县级行政单位。在此基础上，2010至2014年五年平均粮食产量或者商品量分别位于全国前100名的县为超级产粮大县，在获得常规产粮大县奖励基础上，再获得超级产粮大县奖励。常规产粮大县奖励资金作为一般性转移支付，由县级人民政府统筹使用；超级产粮大县奖励资金用于扶持粮食生产和产业发展。产油大县奖励入围条件由省级人民政府按照“突出重点品种、奖励重点县（市）”的原则确定，入围县享受的奖励资金不低于100万元，全部用于扶持油料生产和产业发展，特别是用于支持油料收购、加工等方面支出。2017年，国家继续实施产粮（油）大县奖励政策。
为调动地方政府发展生猪（牛羊）养殖积极性，促进生猪（牛羊）生产、流通，引导产销有效衔接，保障市场供应，2016年中央财政安排生猪（牛羊）调出大县奖励资金35亿元。生猪（牛羊）调出大县奖励资金包括生猪调出大县奖励资金、牛羊调出大县资金和省级统筹奖励资金三个部分。生猪（牛羊）调出大县奖励资金按因素法分配到县，分配因素包括过去三年年均生猪（牛羊）调出量、出栏量和存栏量，因素权重分别为50%、25%、25%，奖励资金对生猪调出大县前500名、牛羊调出大县前100名给予支持。生猪（牛羊）调出大县奖励资金由县级人民政府统筹安排用于支持本县生猪（牛羊）生产流通和产业发展，支持范围包括：生猪（牛羊）生产环节的圈舍改造、良种引进、污粪处理、防疫、保险、牛羊饲草料基地建设，以及流通加工环节的冷链物流、仓储、加工设施设备等方面的支出。省级统筹奖励资金按因素法切块到省（区、市），分配因素包括各省（区、市）生猪（牛羊）生产量、消费量等。统筹奖励资金由省级人民政府统筹安排用于支持本省（区、市）生猪（牛羊）生产流通和产业发展。2017年，国家继续实施生猪（牛羊）调出大县奖励政策。
2017年，国家继续实施农机深松整地作业补助政策。开展农机深松整地，是改善耕地质量，提高农业综合生产能力，促进农业可持续发展的重要举措。纳入《全国农机深松整地作业实施规划（2016-2020年）》的省份可结合实际，在适宜地区开展农机深松整地作业补助试点项目，所需资金从2017年中央财政下达各省（自治区、直辖市）的农业有关专项资金中统筹安排。补助对象为项目区内自愿实施农机深松整地的农民（包括农场职工），或者开展农机深松整地作业的农机服务组织（农机户）。项目区以外的，暂不享受补助政策。各项目区采取“先作业后补助、先公示后兑现”的方式，向农民或农机户发放农机深松整地作业补助。补助标准一般为20-40元/亩，由各有关省（自治区、直辖市）综合考虑本地农机深松整地的技术模式、成本费用、农愿、规划任务等因素自主确定。农机深松整地以打破犁底层、提高土壤通透性为目的，作业深度一般要求达到或超过25厘米，作业质量应符合农业行业标准《深松机 作业质量》（NY/T 2845-2015）。
2017年，国家继续实行农机安全监理免费政策，将“拖拉机号牌（含号牌架、固定封装置）费、拖拉机行驶证费、拖拉机登记证费、拖拉机驾驶证费、拖拉机安全技术检验费”5项农机安全监理机构收取的行政事业性收费免征范围由小微企业扩大到所有企业和个人。免费监理政策的实施，使广大农民群众可以免费办理相关业务，所需经费由财政部门安排，由此减少农民支出每年约10.88亿元。同时，鼓励有条件的地方积极争取财政预算，将驾驶证考试费纳入免征范围。
2016年，中央财政安排14.36亿元资金支持开展耕地轮作休耕制度试点，其中轮作500万亩、休耕116万亩，各地在组织方式、政策体系、技术模式等方面进行了有益探索，取得了阶段性进展。2017年，进一步充实试点内容，完善试点功能，提升试点水平，以耕地轮作休耕制度试点为平台，推动农业理念创新、技术模式创新、投入产出效益模式创新、补贴机制创新和以遥感技术为基础的农业经营管理体制创新，加快形成“一平台、五创新”的格局。一是扩大试点规模，在东北冷凉区和北方农牧交错区实施轮作试点1000万亩，在河北地下水漏斗区、湖南重金属污染区、西南西北生态严重退化区实施休耕试点200万亩。二是层层落实任务，尽快将试点任务落实到省市县、落实到户到田。与参加试点农户签订协议，明确相关权利义务。三是加强指导服务，组织专家分区域、分作物制定完善轮作休耕技术意见，建立省、市、县联系点制度和技术人员包干蹲点制度。四是强化督促检查，完善耕地轮作休耕制度试点协调指导组工作机制，会同有关部门组织定期督查。五是开展遥感动态监测和耕地质量监测，建立健全耕地轮作休耕制度试点数字库，跟踪试点区域作物种植和耕地质量变化情况，对轮作休耕效果开展第三方评价。
2017年，中央财政继续安排15亿元资金支持开展绿色高产高效创建，启动“2017绿色高产高效创建年”活动，在全国选择一批重点县开展整建制创建，打造绿色高产高效创建升级版。一是完善技术模式，分区域、分作物集成组装一批高产高效、资源节约、生态环保的成熟技术模式，边试验、边总结、边推广。二是推进标准化生产，实行统一供应良种、统一肥水管理、统一病虫防控、统一机械作业、统一技术指导。三是规范项目管理，实行主体申报制、考核验收制和竞争淘汰制，组织开展省际间、县际间交叉督导。四是拓展创建功能，大力发展综合种养、休闲农业等新业态，引领社会力量参与，挖掘内部增收潜力，创建一批高产高效、节本增效、生态环保的示范基地。
为贯彻中央农村工作会议、中央一号文件和全国农业工作会议精神，按照“一控两减三基本”的要求，加快推进农业绿色发展，2017年将开展果菜茶有机肥替代化肥行动，突出水果、设施蔬菜、茶叶等园艺作物，安排专项资金10亿元在优势区、核心区选择100个重点县开展有机肥替代化肥示范，创响一批绿色优质产品生产基地。根据不同区域、不同作物的用肥需求和有机肥资源情况，因地制宜推广符合生产实际的有机肥替代化肥技术模式，配套相应的有机肥施用设施。支持农民和新型经营主体等使用畜禽养殖废弃物资源化产生的有机肥，鼓励农民采取秸秆还田、生草覆盖等措施，减少化肥用量，实现节本增效、提质增效。
2017年，按照《到2020年化肥使用量零增长行动方案》要求，一是加力调优结构减量。继续调减高纬度、干旱地区和土地贫瘠地区玉米，减少化肥用量。优化氮磷钾配比，加快推广新型高效肥料。二是加力精准施肥减量。深入开展测土配方施肥，因地制宜推广机械施肥、滴灌施肥、水肥一体化等高效施肥技术。三是加力有机肥替代减量。开展果菜茶有机肥替代化肥行动，支持规模化养殖企业利用畜禽粪便生产有机肥，引导农民积造农家肥，施用商品有机肥。四是加力新型主体示范带动减量。依托种粮大户、家庭农场等新型经营主体，创建300个化肥减量增效示范县。开展“化肥使用量零增长在行动”主题宣传，营造良好氛围。同时，大力推进统防统治、绿色防控、科学用药，减少农药使用量，提高利用率。一是推进统防统治与绿色防控融合。结合实施重大农作物病虫害统防统治补助项目8亿元资金，扶持专业化服务组织，推进统防统治与绿色防控融。
